سيد حيدر موسوي جد اعلاي آيت الله سيد روح الله موسوي خميني است. او مولف دو رساله، به نامهاي «نفحة العرفان» در عرفان و «هداية المستشرقين» در حقانيت مذهب اماميه، است و به همين دليل به آينه دار معرفت معروف شد.

در سال 766 هجري قمري سيد حيدر موسوي اردبيلي از طرف عارف بزرگ حضرت مير سيد علي همداني، جهت ارسال پيام نور و عرفان به سرزمين هند مهاجرت كرد و در آنجا به تبليغ اسلام پرداخت. در طول اقامت او در هند، بسياري از هندوان و بوداييان به آيين اسلام گرويدند تا جايي كه برخي از رؤساي اين كيشها نيز اظهار اسلام نمودند.

سيداحمد كه از نسل سيد حيدر مي باشد بين سالهاي 1240 و 1250 قمري به قصد زيارت عتبات عاليات به عراق مسافرت كرد. و در مدت آنجا با يوسف خان، پسر محمد حسين بيك كمرهاي، اهل خمين آشنا شد و برحسب تقاضاي او براي اقامت به خمين مراجعت كرد.

حاصل ازدواج او چندين دختر و پسر بود و آقا مصطفي خميني پدر امام خميني يكي از آنها بود.

آقا مصطفي حدود سال 1300 قمري با مرحومه هاجر آغاخانم دختر مرحوم آقا ميرزا احمد مجتهد خميني المسكن خوانساري الاصل ازدواج كرد كه حاصل اين ازدواج سه پسر و سه دختر بود كه به ترتيب سن و سال عبارتند از: مولوده آغا خانم، آقا سيد مرتضي (پسنديده)، آقا نورالدين (هندي)، فاطمه خانم، آقازاده خانم، روح الله ملقب به امام خميني(س).